芯片数据pathway注释和分析软件MapMan使用指南 | 分析技能
MapMan是对某物种芯片数据的pathway注释和分析的软件，它支持的物种仅为植物且数量有限，共计47个物种（附件1），包括拟南芥、大豆、水稻、苜蓿、烟草、高粱、衣藻等。
目前，支持高通量测序的表达谱数据的运算。
运行环境：Java
网站地址：
http://mapman.gabipd.org/web/guest
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数据文件 .txt .xls（需提前准备）
Pathway（官网下载，需登录）
Mapping File（官网下载，需登录）
准备数据文件
可以将多组数据整合到一个文档中，在后续分析时一起录入文件。
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Pathway下载
在安装MapMan时，软件会自带Pathway，若没有所需Pathway，可以到官网查看，若有，则可以下载（image file）。
http://mapman.gabipd.org/web/guest/mapmanstore
到官网下载实验物种Mapping File（m02）
http://mapman.gabipd.org/web/guest/mapmanstore
例如：实验物种为谷子Setaria italica
1.打开MapMan软件
2.数据录入
选择完要上传的数据后，会有窗口弹出。弹出窗口会显示所选文件中数据的前几行。
数据选择：
（1）点击每一列数据的表头即可以选择该列所有数据，再点击一次即可放弃选择；
（2）点击表头或对应的列数后，在Selected处打勾。
数据类型包括 ：
其中numeric value 用于展示数据，derived value 指该列数据从那一列数据衍生得到，用于设置过滤器。
3.Mapping File录入
4.Pathway选择左击Pathway文件夹，选择Pathway
例如，要选择光合作用，双击Photosynthesis ，会弹出一个Mapping选择窗口，选择录入的Mapping File，我们选择Setaria italica。
点击任意一组数据，即可显示在此通路下基因差异表达情况 。
在工具栏选择调节图片：
colour调节颜色及代表的意义；上调还是下调；size调节小方框尺寸；scale调节颜色深浅所代表的表达差异值；
选择InfoTable 再点击图片中任一小方块，图片下窗口内会展现代谢通路的具体信息及该代谢通路内涉及到的基因的差异表达情况（正值为上调，负值为下调），点击小窗口左上角保存图标，可以将信息保存；
选择Wilcocon Rank Sum Tes小窗口内会出现所有BIN信息，将所有信息排序后（点击每列表头），点击相关行，该行所涉及的BIN信息所在位置会在通路图中显示，其他不相关位置会变灰。
将光标放在图片小方块上，会弹出一个窗口，窗口内是具体的BIN信息。
设置过滤器
每一列数据被定义完以后，点击数据左边的（+），会看到一个过滤器选择按键。右击，选择Configure Filter,设置过滤值（设置所用的数据是数据录入时选为derived value的数据）。设置完后过滤器选择按键由灰色变为红色，被过滤的相关差异表达基因变为灰色。
Filter设置
图片保存
点击MapMan左上角File，选择Export as Image,保存图片。
可以选择图片保存位置，图片格式及分辨率。
类型1：选择多组数据（Ctrl+左击），右击选中的数据，选择Cluter Data,弹出选择框后选择Mapping ,点击OK。
在数据分类视图中，所涉及到的基因为灰色，所有基因的平均行为为红色线条，±一个标准偏差的平均行为为桔色线条，被选择的分类区显示蓝色，基因为蓝色线条。将光标放在聚类图片处，会显示放大的图片。
类型2：以一组数据作出通路图的基础上，选择多组数据，即可在通路图上显示聚类信息。点击聚类图，会在下方小窗口显示具体信息。
将光标放在聚类图片处，会显示放大的图片，按F2键，可以将放大的图片固定。将光标放在固定的图片上，会显示具体信息。
在MapMan软件界面点击选择PageMan；
选择数据和Mapping；
选择参数；
点击OK，弹出PageMan分析图片；
在工具栏选择相关参数，调节图片点击树状视图图标，在PageMan分析图片出现树状分类；colours选择栏调节颜色代表的含义；scale调节颜色范围值；size调节图片上下长度。
将光标放在树状分类区，右击，可以选择是否展示相关注释，是否展示非显著性数据。
将光标放在数据标题区，右击，可以调节数据间距及数据位置。
点击MapMan左上角File，选择Export as Image,保存图片。
Arabidopsis thaliana 拟南芥
Brachypodium distachyon 二穗短柄草
Brassica napus 欧洲油菜
Brassica rapa 芜菁
Capsella rubella 芥菜
Carica papaya 番木瓜
Chlamydomonas reinhardtii 莱茵衣藻
Citrus clementine 克莱门柚
Citrus sinensis 甜橙
Citrus spp. 柑橘
Coccomyxa subellipsoidea C-169 胶球藻属
C-169 Zea mays 玉米
Cucumis sativus 黄瓜
Eucalyptus grandis 巨桉
Fragaria vesca 欧洲草莓
Glycine max 大豆
Gossypium hirsutum 陆地棉
Manihot esculenta 木薯
Gossypium raimondii 雷蒙德氏棉
Hordeum vulgare 大麦
Linum usitatissimum 亚麻
Malus domestica 苹果
Medicago truncatula 蒺藜苜
Micromonas pusilla CCMP1545
单细胞鞭毛虫
Mimulus guttatus 玄参科猴面花
Nicotiana tabacum 烟草
Oryza sativa Japonica Group 粳稻
Ostreococcus lucimarinus
Panicum virgatum 柳枝稷
Physcomitrella patens 小立碗藓
Populus trichocarpa 欧洲大叶杨
Prunus persica 碧桃
Ricinus communis 蓖麻
Saccharum officinarum 甘蔗
Selaginella moellendorffii 江南卷柏
Setaria italic 谷子
Solanum lycopersicum 番茄
Solanum tuberosum 马铃薯
Sorghum bicolor 高粱
Thellungiella halophile 小盐芥
Thellungiella salsuginea 盐芥
Theobroma cacao 可可
Triticum aestivum 小麦
Vitis vinifera 葡萄
Volvox carteri 团藻